京师保卫战之中，明军的损失远远大于满洲八旗。swisen.com
其中山海关、宣府这两支论强悍仅次于辽东铁骑的军队，随着领军总兵赵率教和满桂的阵亡，也随之烟消云散。而侯世禄、尤世威所部大同、昌平两镇兵力的战斗力本来就十分羸弱，经同满洲精锐的血战之后，也基本失去了战斗力。至于卢象升仓促之间召集起来的“天雄军”也是损失惨重、不堪重用。
唯一损失不大的姬庆文手下的苏州织造衙门团练，则因人数太少，也难以担负起反攻、追击皇太极的重任。
而唯一依旧拥有较强战斗力的祖大寿、何可纲部，又曾经因为袁崇焕下狱之事，闹出过战场哗变的丑闻，眼下只能尽量安抚羁縻，难以立即投入战斗。
因此大明朝廷只能颇为无奈地坐视满洲皇太极带领八旗精兵，从喜峰口从容而来，又从喜峰口从容而去，直到半个月之后祖大寿所部渐渐安分下来，在加上宁夏总兵马世龙率领的主要负责同河套地区蒙古人作战的宁夏兵赶到京师，明廷手中这才又有了机动作战力量。
因此，明军便要收复被皇太极占领的大明关内的城池。
此战由孙承宗亲自领军，而满洲守军则由豪格、岳托、多铎等几个将领率领。
这些满洲将领要么是些有勇无谋的莽夫，要么是些没有独自领军作战经验的小字辈，又怎么会是指挥作战精明老练的孙承宗的对手？
孙承宗带领祖大寿、马世龙两支精兵，只用了十天时间，便收复了关内的所有城池，又在围攻喜峰口三天之后，用里应外合之计，攻破了这处关隘。
至此，形势终于又恢复到了崇祯二年十月之前的情况，至少表面上是这样的。
将满洲兵马彻底驱赶到关外之后，崇祯皇帝一颗悬着的心终于落在地上，方才有余力整顿起朝廷里这些尸位素餐的官员们来了——
出了满洲八旗侵入关内的事情，总理朝政的内阁几位宰辅大臣自然是坐不住了，首辅韩旷、次辅钱龙锡、大学士周延儒、大学士温体仁同时向崇祯皇帝递上辞呈，请求辞去内阁职务。m4xs.com
崇祯皇帝经过这场“己巳之变”多少已然看清了所谓东林党，大多是些只知道逞口舌之勇的书呆子，并没有多少实务能力。因此崇祯皇帝毫不留恋地批准了韩旷和钱龙锡的职务，却留下周延儒和温体仁二人在内阁之中继续参赞政务，而首辅大臣的宝座，自然是坐到了资历更老的周延儒的屁股底下。
而温体仁自认为自己才识、能力都不在周延儒这个老头子之下，已然开始密谋篡夺周延儒的首辅之职了。
此外，军事失利，主持朝廷军务的兵部尚书王洽自然是没有什么好果子吃。还有闹得国库亏空，险些发不出饷银的户部尚书毕自严，也同样倒了霉。再加上这两人都是东林党人，崇祯见了就愈发生气。
于是这两位做官还算清廉的大臣，就这样被崇祯皇帝朱笔一挥，押送到菜市口斩首示众了。
其余官员则是有升有降。
尤其值得一提的是，孙元化代摄京师神机营事务颇见成效，被崇祯皇帝钦点升为山东巡抚。而保举孙元化有功的徐光启，则被升为礼部尚书。这两位，都同姬庆文颇有几分交情，他们的升迁，对姬庆文是一件颇大的利好之事。
领军的将领之中，侯世禄、尤世威、马世龙、何可纲这几个将领，虽不论作战战果如何，却毕竟没有功劳也有苦劳，大多官升一级。
而祖大寿此人虽然做出了战场哗变这样骇人听闻的事情，可现在他手下的辽东铁骑，却是大明朝规模最大、战斗力最强的一支军队，朝廷想要牵制和对付皇太极依旧不得不依靠祖大寿的力量。因此崇祯皇帝虽然并不情愿，却还是只能以戴罪立功的名义，对祖大寿既不封赏又不责罚，仍旧让他返回原地镇守辽东。