周延儒听崇祯皇帝态度坚决，便也不敢再出言顶撞，只能诺诺连声表示同意。
倒是徐光启老成了许多，又同时同姬庆文和东林党友善，说话便也中立客观了不少，说道：“圣上，白莲教自古以来就屡次作乱，事情虽大却并不足为奇。可是白莲教起事多在穷乡僻壤之中，这次选在南京城内，倒也确实少见。因此这件事情颇为诡异，恐怕另有隐情，老臣劝皇上暂且留下熊明遇一条性命，待事情查明真相之时，再另行处置不迟。”
徐光启这话说得算是很厚道了，也确实被崇祯皇帝听到了心里。
于是崇祯帝又思索了一下，说道：“无论其中有何蹊跷，反正熊明遇的官位是保不住了。这样，立即革除熊明遇一切本兼官职，立即锁拿进京，听候勘问。”
替皇帝拟旨是内阁的本分，听了皇帝的意思，自然由周延儒执笔，写好了诏书，又让在一旁伺候的司礼监掌印太监盖上了玉玺，便派人送到锦衣卫指挥使骆养性那里，让他再派得力的锦衣卫，立即出发去南京抓人。
骆养性不敢怠慢，得了圣旨之后，便点起十个得力的锦衣卫，凭旨意去南京捉拿熊明遇这位兵部尚书。
熊明遇似乎早有准备，锦衣卫过来的时候并没有表现出多少慌张的情绪，反而十分淡定地收拾起行李，又同家人属下告别，这才跟着几个锦衣卫启程北上。
这几个锦衣卫看在熊明遇品级不低、年纪又大的份上，倒也还算客气，既没有动刑、也没有上枷，只让他自己走路也就是了。
没料到熊明遇从南京出发，只走到山东地界，便又接到了皇帝的旨意。
崇祯的新旨意十分简单，立即赐死熊明遇。
原来是熊明遇写的那道奏章被崇祯皇帝看到之后，非但没有开脱半点责任，反而起到了反作用。
让崇祯皇帝只留下了一句：“胡言乱语，妄图蒙蔽圣听”的评语，便问了个“欺君之罪”。
熊明遇犯了钦定的欺君之罪，那就自然再也没有多少可以保奏和挽救的余地，只由东林党中几个有头脸的官员出面，给熊明遇留下最后一丝的尊严和体面，求皇帝只用一条白绫便结果了熊明遇的性命。
处置了熊明遇之后，崇祯皇帝余怒未消，又接连下了好几道旨意。
首先发落的就是南京守备太监韩赞周、南京守备提督勋贵刘孔昭两个军事主官。原本按照崇祯皇帝的刻薄性格，这两位仁兄也至少是要罢官免职的，然而看在他们两个人一个是信王潜邸故人、一个是开国元勋之后的份上，崇祯皇帝只罚了他们两个各两年的俸禄，并戴罪立功。
其次南京一切有司官员全部降级罚俸，留原职继续处置白莲教逆案，若再发生什么不体面的事情，便要新账老账一起清算。
最倒霉的还是司礼监提督太监沈良佐，他原不过是路过南京城而已，却只因带领这两千京营官军在身边，而处置突发的白莲教叛乱并不得利，也跟着被罚了一年的俸禄。
比沈良佐更加倒霉的，则是京师营的几位负责练兵的军官，这几人被崇祯皇帝以京师营面对乌合之众的白莲教匪便败下阵来，显然是日常训练不利为由，全部罚俸一年、廷杖二十——不但赔了钱，就连白白嫩嫩的屁股都被打了个皮开肉绽。
只有被熊明遇陷害的杨展，崇祯皇帝是只字未提，就仿佛这个人压根就不存在。