“……奇怪……”还在阿笠博士家的柯南，正对着那些利用‘工藤新一’身份得到的内部情报发愁。
擅长发明、冷笑话、字谜的阿笠博士的高智商对破案不感冒，只得在旁问道：“哪里奇怪了，新一？”
“从弹壳的分布位置和现场状况可知，四把手枪是在同一片区域射击的，而且不是相互近距离对射，而是一致朝从后花园入侵的袭击者射击。”柯南在自己手绘的平面图上标注位置，“第一个疑点，袭击者没有在后花园留下任何弹壳，他们是如何在四把手枪的火力压制下，将爆炸物扔上二楼，炸死枡山宪三的？”
阿笠博士猜测道：“额，因为早就在二楼设置好炸弹？”
“接着是第二个疑点，袭击者是从后花园而来，原本在客厅开枪的枡山宪三，为什么要上二楼？”柯南这一次自己抛出猜测，“一般来想，他是要去楼上拿很重要的东西，或许是武器，又或许是别的东西……”
“唔~就算真有这种东西，也被袭击者拿走了吧？”周遭居民听闻爆炸声后第一时间报警，但距离附近的警察赶来还有一段时间，足够袭击者在现场做很多事了。
“第三个疑点，现场弹头和射击痕迹太不正常了！”柯南在平面图上画出一个大圈一个小圈，大圈在客厅内，小圈在后花园，“弹头和弹壳的数量对得上，现场的射击痕迹却少得很，弹头还不知道为什么会出现在那种地方——简直像是有人举着一面盾牌进屋，几乎所有子弹全招呼在盾牌上面一样。”
很遗憾，柯南永远不会知道这面盾牌的名字叫。
“唔……确实很奇怪。”阿笠博士苦思冥想，还是一无所获。
虚弱的女童音从后传来。
两人一回头，只见面色病态般的惨白，用手扶着墙壁的小哀出现在门口，阿笠博士连忙道：“啊，你的身体还没有恢复过来，不能下床的！”
小哀下一句话，让阿笠博士停下脚步，“他上楼是为了杀掉我。”
“杀掉你？！你……你到底是什么人？”柯南震惊道。
“我是你所追查的组织的成员，代号‘雪莉’，”小哀轻喘几口气，服用apx4869引发的症状仍没有消退的迹象，“——我是宫野明美的妹妹，带我去见她，我会告诉你一切你想知道的事情。”
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米花町警察局不是不知道《十亿日元劫钞案》和《枡山宪三别墅枪战案》大有文章，其中关键正是至今保持沉默的宫野明美，然而接到上级的指示，他们只能憋屈地将宫野明美转交给日本法务省辖属的谍报机关。
然而在转移过程中，公安调查厅的车队遭到袭击，宫野明美被易容的赤井秀一救走，随后受到美国情报部门的无人身自由式的保护。
柯南和小哀因判断黑衣组织会在路上截杀宫野明美，误以为抢线人的fbi是黑衣组织而牵扯进其中。最终因现场情势姐妹二人无法相聚、一同离开，但宫野明美知晓自己的妹妹已逃脱组织的魔爪，小哀也知晓自己的姐姐受到男朋友的保护，各自松了一口气。
——事件至此告一段落。